Un peptide cyclique lipidé a bloqué la fusion de SARS-CoV-2 d'une manière nouvelle. Ce peptide, appelé S-880008, a été présenté par une équipe de Shionogi et de l'Université d'Hokkaido, dirigée par Sanaki, Kawaguchi, Anraku et leurs collègues, dans Nature Communications le 28 octobre 2026.
Le travail est pour l'instant structural et mené chez l'animal. Il n'a pas été testé chez l'humain.
Ce qu'est S-880008
S-880008 est un peptide macrocyclique, c'est-à-dire dont les acides aminés sont reliés en anneau, auquel est attachée une chaîne lipidique. L'équipe l'a trouvé grâce à l'affichage d'ARNm (mRNA display), une méthode de laboratoire qui permet de cribler de très grandes banques de peptides à la recherche de ceux qui se lient à une cible choisie.
Une double prise sur la spike
Les chercheurs ont ensuite déterminé, par cryo-microscopie électronique, comment le peptide saisit la protéine spike du virus. Il la tient à deux endroits à la fois. L'anneau se place là où le domaine de liaison au récepteur (RBD) rencontre le sous-domaine 1, tandis que la chaîne lipidique se glisse dans le domaine N-terminal du protomère voisin, l'une des trois unités de la spike.
Cette double prise verrouille la spike dans une forme où les trois RBD sont relevés, dite RBD 3-up. Elle empêche aussi les protomères de se séparer, ce qui bloque la fusion, l'étape où le virus fusionne avec une cellule hôte.
Contre plusieurs variants et chez la souris
Le peptide a été actif contre plusieurs variants de SARS-CoV-2, dont Omicron. Administré par le nez à des souris infectées, il a réduit la charge virale et amélioré la survie.
À quel point c'est précoce
Ce sont des résultats chez l'animal et de biologie structurale. Savoir si le peptide serait sûr et efficace chez l'humain, et comment il serait administré, relève d'études ultérieures.